歐洲的商用及地方豬隻品種品系遺傳歧異度

pighead

之前與大家討論品種、品系雜交的主題，我們來看看歐盟國家的聯合計畫(PiGMaP與PigBioDiv)之研究結果
，他們將歐洲各國各地區的不同品種品系的豬隻都拿來使用五十個不同的遺傳標記做遺傳型的確認(一般研究
計畫大多只用十幾個就很厲害了，真是大手筆)，這樣才能將品種品系都分得清清楚楚，我們參考一下別人的
作法，然後想想自己要如何來進行，我們先從下圖開始由大群組到小群一一介紹：

1. LW (Large White group): 中間上方的大白豬群組(美國稱之為約克夏)，可以看到所有的國家或公司商用純品
    種的大白豬品系都放到這個弧線內，也沒有跑到其他群組去的現象，可見大白豬品種在各地都被重視其血
    緣(可能因為母豬繁殖性能優異)且容易從外觀特徵上辨別，不易與其他品種混雜，也因此在生物醫學的試驗
    上大多使用大白豬品系，就是因為其血緣長期下來比較沒有混雜，如同米格魯被用在醫學藥學上做試驗動物
    也是因為上述之原因。

2. LR (Landrace group): 左上方的藍瑞斯群組，如先前講過的Landrace這字拆開來就是地方性血緣或種類(Land-race)
    ，這品種就沒有像大白豬群組那樣單純，因為各地區各國家從早期就有自己的族群，更可能加入其他地方性
    品種來增進某些地區性的需求，所以這個弧線內除了各國各地區及公司的藍瑞斯品系之外，還包含了兩個地
    方性品種丹麥的Sortebroget (SO): 或稱為Danish Black Pied Pig (丹麥黑斑豬)，其外型除了黑斑之外頗有過
    肥之藍瑞斯的樣子，請自行參考下面的網頁(因圖片有版權的)
    http://www.tiho-hannover.de/einricht/zucht/eaap/descript/1005.htm
   
    英國的British Lop (BL): 我個人的中文翻譯為英國垂耳豬，其實看起來真的就是藍瑞斯，請參考下面網頁
    http://www.ansi.okstate.edu/breeds/swine/britishlop/index.htm
    除了在這一弧線之內的藍瑞斯豬種品系，還有從該群組的主幹靠中心點的地方分出兩個地方性品種及一個
    次群組，這是代表這些地方性品種是早期祖先中曾經混雜過藍瑞斯品種，我們從最接近藍瑞斯群組的開始
   
    法國的Normand (NO): 中文可稱之為諾曼第地方性白色品種，但在法文稱為Blanc de l'Ouest (西部地區的白
                                           色豬)，它的樣子像是藍瑞斯與皺鼻子中白豬的混種請見下圖(我個人收藏的書本中掃
                                           描下來的，是有版權的，請勿複製)
   

    離藍瑞斯次遠的(也就是其祖先比前面法國諾曼第白豬更早混入藍瑞斯)為
    德國的Bunte Bentheimer (BB): 中文可稱之為班塞摩黑斑豬 (Bentheimer Black Pied pig)，他的樣子是帶有
                                           黑斑點之瘦長型藍瑞斯，以下兩個網頁都可以看到圖片：
                                           http://www.tiho-hannover.de/einricht/zucht/eaap/descript/996.htm
                                           http://www.ansi.okstate.edu/breeds/swine/bentheimblackpied/index.htm

    另外有個更早期就混入藍瑞斯的次群組，其中包含了三個以前都不會與藍瑞斯做太多聯想的地方性品種，
    這實在是令人非常驚訝的結果，但是這結果應該是有可能的(容我在每一個地方品種中再加以說明)，加上
    此研究是歐盟各國聯合進行的大型計畫，幾乎動員所有做豬隻遺傳相關的實驗室，也將各地方各國家及各
    公司所保存的豬種與品系都拿出來檢測其50個標記的遺傳型，檢測的數量與方法都是相當可信的，我們只
    要好好地從這些資料裡面去推論這個次群組的狀況，應該可以獲得寶貴的經驗與配種原則
    法國的Limousin (LI): 應該是法國利摩辛地區的地方品種，可惜沒有其圖片可供參考，無法看其外型，相關
                                          的資料也滿稀少的，根據紀錄上來看，其毛色為黑白交雜，黑色頭部但有大塊的白色
                                          環帶(毛色上有點像漢布夏)，而且耳朵是豎立的，從外觀描述上實在很難判定其與藍
                                          瑞斯有血緣關係，但是它是與藍瑞斯群組的根部連結，而且接近約克夏群組，可見這
                                          樣的豎耳其來有自，只是藍瑞斯是稍微比約克夏晚進入此一地方品種中，所以從類緣
                                          關係距離上還是比較接近藍瑞斯，但是部分的黑毛色就無法得知是從哪個品種而來，
                                          根據美國奧克拉荷馬大學世界豬種網站的記載說到約克夏族群早期有黑色的品系，或
                                          許是早期就被選留下來的
    英國的Large Black (LB): 著名的英國大黑豬竟然與藍瑞斯有血緣關係，反而與約克夏稍遠，但是盤克夏更遠
                                          的一段距離，主要是早期已有藍瑞斯血緣混入祖先中，然後才逐漸選育成全身黑色吧？
                                          理由與前述的法國Limousin類似，可以參考這個豬品種網站，它的體型與垂耳正是藍
                                          瑞斯招牌，可能稍為短且高些，全身黑色皮毛，其體型較小可能是因為後來族群變小
                                          產生近親交配所致
                                          http://www.ansi.okstate.edu/breeds/swine/largeblack/index.htm
    英國的Middle White (MW): 大黑豬有藍瑞斯血統就算了，連這個翹耳縮鼻子的中白豬也是這個次群組內的地
                                          方性品種，實在令人驚訝，一直以來我的印象裡它是小一點的大白豬加點可愛的縮鼻子
                                          而已，沒想到原來祖先裡面可能有大白豬，後來可能混入不少的藍瑞斯，而族群選留的
                                          指標可能還是以約克夏(大白豬)外表為主，但是仍舊靠近藍瑞斯血緣，請見下面這個網頁
                                          http://www.ansi.okstate.edu/breeds/swine/middlewhite/index.htm

     以上這些接近藍瑞斯或是介在藍瑞斯與約克夏之間的地方性品種之種原混雜情形其實在早期的歐洲文化中應
     該是有其可能性，不過接下來兩個號稱藍瑞斯品種的地方性豬種，卻離藍瑞斯群組很遠，反而靠近約克夏或
     某些地方性品種，可見大家都講的藍瑞斯也有混雜到只有外型卻已失去內在遺傳來源者，這兩個號稱藍瑞斯
     的品種我特別用紅色長方形在第一張圖上框起來，一個是下方的LR02，這是德國地方上認為的藍瑞斯品種，
     竟然與藍瑞斯群組離得遠遠的，反而散在一堆其他品種當中，與它最靠近的就是德國的地方品種SH
     Schwanbish-Hallisches Schwein (Swabian Hall Saddleback 史瓦碧廊環帶豬，這是我自己翻譯的)，可以上去
                                          以下幾個網頁看其相關圖片，它的白色環帶應該都比漢布夏品種來得寬許多，甚至全身
                                          只有頭尾部分有黑色，其他皆為白色皮毛，而且是垂耳且比較接近醃肉型(bacon type)，
                                          早期在德國地方上相當盛行，作為德國人愛吃之各式火腿的來源，但在1970年代之前就
                                          已式微，直到1984年有位魯道夫.布勒開始小族群飼養，且加上環保生態及動物福利飼養
                                          方式，加上原本肉質既已適合德國人口味，現在為高級餐廳所愛好，成為小眾利基市場
                                          的一個成功範例
                                          http://www.tiho-hannover.de/einricht/zucht/eaap/descript/997.htm
                                          http://www.ansi.okstate.edu/breeds/swine/swabianhall/index.htm
     另外，一個很有名的地方品種也與這個LR02德國地方上的藍瑞斯曾有共同血緣，就是英國的Tamworth (TA)，
     這是一個看起來很像杜洛克毛色(紅棕色)的品種，只是它是豎耳、碟型臉，杜洛克則為半垂耳、短臉
     Tamworth (塔姆沃思豬)，請各位參考下面兩個網頁，再比較一下杜洛克，說實在的，英國與德國所處距離，
                                         加上外表實在看不出它跟前面的Swabian Hall Saddleback 史瓦碧廊環帶豬有何相似之處
                                         ，更遑論藍瑞斯了，唯一可能就是早期德國地方人士曾經引進塔姆沃思到他們的地方豬
                                         種，因為它與杜洛克的毛色一樣都是全隱性的(兩個基因座，一為抑制顯色基因座，另一
                                         則為顯色基因座)，所以混進去地方豬種之後，長期選育之後大致上就看不出其毛色的影
                                         響，這和台灣現在大家使用杜洛克雜交到黑毛色豬系中一樣的道理，另外，原本許多人
                                         看到塔姆沃思豬的毛色，都會猜測它與杜洛克可能有共同祖先，甚至有人曾說這品種可
                                         能就是杜洛克的祖先來源，但從此一大型研究計畫結果上卻告訴我們，這兩個品種的血
                                         緣關係可能是很早以前的事了，反而杜洛克與盤克夏有著較接近的共同祖先才是，塔姆
                                         沃思豬卻可能與中國豬(梅山豬群組)及西班牙伊伯利半島地方豬種較為接近，甚至以前
                                         我也有個觀念說約克夏有著中國豬的血統，但是從這個研究裡看來似乎那是很遙遠的古
                                         代，第一張圖的繪圖方式在數量遺傳學上稱為無根源(unrooted)方法，如果要追究根源
                                         則需要使用其他有根源(rooted)方法才能夠判斷之
                                         http://www.tiho-hannover.de/einricht/zucht/eaap/descript/1009.htm
                                         http://www.ansi.okstate.edu/breeds/swine/tamworth/index.htm

     另外一個用紅色長方形標示為LR09的藍瑞斯品系是冰島藍瑞斯(Icelandic Landrace)，在第一張圖的上方卻是
     靠著LW(大白豬群組)的右邊，從冰島的歷史記載來看，他們是在十九世紀時從丹麥及挪威引進動物蓄養，到
     在二十世紀初期才引進大白豬、藍瑞斯、盤克夏及杜洛克，到1930年從英國引進大白豬與盤克夏，在這樣的
     族群較小的環境中，可能各個品種已經都互相混雜，從第一張圖上可以看到冰島藍瑞斯其實比較像是大白豬
     的一個遠親品系，應該是引進冰島的早期時其藍瑞斯豬群就已經混入不少大白豬血緣，之後才漸漸獨自發展
     ，如今則可能只有外觀類似藍瑞斯(抱歉，找不到他們的圖片)。其實小族群的保種工作一直都是很辛苦困難的
     尤其在與其他國家地區隔開的島國內，很容易混入其他品種雜交，有時候是為了保持該族群的數量與遺傳效
     率，有時候則是因著當地的市場需求，由此可見一個運作良好且具有嚴格規範的純品種登錄系統是整個育種
     的基礎。

[ 本帖最後由 pighead 於 2007-12-2 21:20 編輯 ]

airjo

老師  看不懂
LW是指大白嗎?
LW0*指的是系統嗎?
那後面的數字  猜不道!
講解一下  謝謝

pighead

不要急，不要急，我正在撰寫內容當中，只是不小心碰到按鍵，
又失去了剛剛才完成的好幾百字的內容，嗚嗚嗚！
這兩天(11/30, 12/01)已經兩次這種經驗，真是嘔啊！
今天(12/01)凌晨已經沒時間再打字了，得要去睡覺，改天再一一介紹。

今天(12/01)早上起床繼續寫到中午，實在太多要連結與參考的資料，
                     先介紹單純的大白豬(Large White, LW，或稱約克夏)，再
                     將最複雜的藍瑞斯群組介紹群組內與相關之地方性品種。

今天(12/01)下午到辦公室繼續將藍瑞斯部分全寫好了，請大家讀一讀，
                     如有建議或想法，歡迎提供。明後天有空再繼續其他較小的
                     豬種群組(包含杜洛克、漢布夏、盤克夏、梅山豬、西班牙
                     地方豬種等)。

今天(12/02)中午等孩子在學校練足球時，乘空上網看一下，才發現原來
                     昨日下午還有一個冰島的藍瑞斯品系LR09偏離了藍瑞斯群組
                     反而是接近大白豬群組者，尚未寫進來，抱歉，剛剛回家之
                     後才將它加入。另外，我也將帖子的主題改成
                   「歐洲的豬隻商用及地方品種品系遺傳歧異度」可能比較切題
                     ，一般商業上使用的品種如藍瑞斯、約克夏(大白)、杜洛克、
                     漢布夏、比利華等因為商業上的用途廣，各國各地區各公司
                     都有引進與利用，就被列入商業品種，而地方品種就是在商
                     業上沒有如此廣泛利用者，其蓄養、繁殖、利用、保種等都
                     以某一特定地區為主者，例如西班牙伊伯利半島豬種、中白
                     豬、塔姆沃斯豬等都是此類，甚至英國的盤克夏族群、日本
                     鹿耳島黑豬 (應該是盤克夏的次族群) 、台灣的蘭嶼豬及桃園
                     豬等也是。

[ 本帖最後由 pighead 於 2007-12-2 16:45 編輯 ]

9v-6882

老師
如果下次要寫的內容過多的話
建議您先開一個；筆記本；
等所有的內容都寫完之後Ctrl＋A然後Ctrl＋V比較保險

pighead

好像是Ctrl + A，然後Ctrl + C，再到要貼上的地方做Ctrl + V。

Ranch-House

超級版主

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四林繁

是豬隻抵抗力差還是穀物太貴，想孕育新的品系豬，博士請問此研究的最終目的為何？

pighead

是豬隻抵抗力差還是穀物太貴，想孕育新的品系豬，博士請問此研究的最終目的為何？

該文章的前言如下：

Since the nineteenth century, animal breeders have been selecting animals with more and more efficient tools. The improvement of statistical methods as well as computation facilities has led to highly efficient livestock selection programmes generating rapid genetic change. But a high selection pressure also implies a reduction in the effective size of the selected population as the number of mating animals is reduced. For example, intensive use of elite bulls through artificial insemination in cattle has led to a sharp decrease in the effective population size (e.g. Nomura et al. 2001). Therefore, the price paid for selection efficiency can be a reduction in the genetic variance of selected populations.

大意如下：
從十九世紀起動物育種者就使用越來越有效率的工具進行選拔動物，但是高效率的動物選拔計畫也產生了快速的遺傳改進，這種高度的選拔壓力也造成選拔族群的有效數量會下降，因為種用動物數目下降，所以增加選拔效率的成本也能夠降低。

我的解讀如下：
所以，這個計畫是為了將歐洲各豬群的遺傳多樣性加以研究清楚，對豬隻育種效率與選拔成本能夠更有效控制，但在此同時，也要讓歐洲各地各國的育種體系能夠思考未來的種原多樣性，因為如果一味地強力往某一或某些方向選拔，許多基因的型態會趨於一致，未來在該品種(或是整個商用豬種中)可能找不到差異性，對整體豬隻育種反而會停滯不前，或產生遺傳問題卻無其他較合適的種原可以使用了。這些問題我在品系雜交裡面也有提到，藍瑞斯的遺傳歧異度在上世紀的前半頁相當清楚，如今各國的藍瑞斯會逐漸在遺傳上越來越接近，那麼品系雜交就不會產生太大的效用，因為大家在各個基因的基因型態上越來越類似，就沒有太多雜合子動物出現了。

[ 本帖最後由 pighead 於 2007-12-5 08:09 編輯 ]

四林繁

博士的解釋相當清楚，就是說當大家都把商用豬種的孕育方向一致時，其基因的差異度也越來越小，一旦要孕其他品系卻找不到差異度較大的，因為都混血了，或者是若干年後搞不好都變近親，此研究的目的跟生物多樣化是否有些許的關聯，還是純粹是為保護某些品種不至於在商業育種下被犧牲掉。

pighead

你所說的兩個目的都有，但是也可以提供歐洲各國各地區進行
跨品種的雜交測試之基礎資料，如果找了兩三個遺傳差距較大
的品種進行雜交，或許可以獲得某些性能上有較高之雜交優勢
的後代肉豬，那麼對開發新產品(豬肉品牌)的豬肉或有助益。

所以此篇文獻其實有多重目的，可以算是豬隻遺傳基礎探討，
可茲應用之處頗多。